一、資質
檢查保健食品生產許可證、保健食品批準證書。
二、標簽、說明書
從成品庫或留樣室抽樣核對。
三、廠房與設施設備
根據企業提供的廠房設計圖紙、設備設施清單，現場核對廠房車間、設施是否有擅自改建或擴建行為，是否與審批一致。
四、人員
詢問、查閱人員檔案、健康檔案、培訓檔案與資質，現場提問質檢、采購等人員相關技術問題。
五、原料庫
（1）檢查原料庫存放的原料種類、原料用途：庫房內是否有非申報成分的物質，如果發現存放有與所生產的保健食品品種無關的原料，要求企業說明其用途。
（2）檢查原料儲存環境是否符合要求：是否保持倉庫內通風、干燥；是否有防蠅、防塵、防鼠設施；溫濕度是否符合要求；應當陰涼保存的原料是否在陰涼庫。
（3）檢查原料是否按待檢、合格和不合格分區管理，是否隔墻離地存放，合格備用的原料是否按不同批次分開存放。
（4）檢查是否設置有原料標識卡，卡上內容至少包含名稱、批號（編號）、出入庫記錄（進貨時無批號的原料，企業應當自行編號，以便質量追溯）。
（5）對原料庫臺賬、標識卡及原料進行核對，檢查是否做到賬、物、卡一致。
（6）抽查若干原料，記錄名稱、供貨商和批號（編號），進一步追溯原料購進情況。
六、檢查原料出入庫與購進記錄和供應商檔案
要求企業提供原料的購進記錄和供應商資質，查看原料供應商檔案建立情況，看其資質是否有效。必要時可要求企業提供財務賬本，核對企業所進原料是否屬實。
檢查原料出入庫記錄，看記錄內容是否完整和真實。比對出入庫記錄和生產記錄。
七、檢查原料質量
對照企業標準規定的原料要求，要求企業提供所抽批次原料的原料檢驗報告。核對原料檢測引用的標準是否齊全、有效；檢測項目是否符合引用標準的規定。
八、工藝規程
要求企業提供所抽產品的工藝規程文件，檢查工藝規程是否包括配方、工藝流程、加工過程的主要技術條件及關鍵工序的質量和衛生控制點、物料平衡的計算方法等內容。
九、批生產記錄
（1）以所抽批次產品的批生產記錄為追溯起點，檢查批生產記錄反映的生產過程是否完整，向前檢查是否可追溯到所用原料的批次及原料檢測報告，向后檢查是否可追溯到成品出廠檢驗報告。
（2）查看投料記錄是否有原料名稱、批號（編號）、用量、原料檢測報告單號，投料記錄是否完整并經第二人復核。
（3）查看批生產記錄中的原料及用量是否與批準證書和企業提供的配方一致。（植物提取物與原植物不能相互代替）
（4）查看批生產記錄中的生產工藝與參數（尤其是主要技術條件及關鍵工序的質量和衛生控制點）是否與企業提供的工藝規程一致。
（5）查看是否有物料平衡記錄，復核物料平衡記錄的計算方法是否正確、結果是否準確；偏差是否按規定要求進行處理。
（6）批生產記錄中原料名稱是否規范（不得使用數字、字母、編碼組合等代名稱）。
（7）批生產記錄是否包括了成品出廠檢驗報告。
（8）批生產記錄中是否留存了包裝和說明書。
（9）查看記錄是否真實和完整，有無隨意涂改現象。
十、水系統
檢查生產用水是否符合標準與工藝規程要求，是否具有水質報告。查水處理系統運行是否正常，是否有記錄。
十一、清場情況
（1）查閱有關清場的操作規程，檢查批生產記錄是否包括上一批次產品的生產清場記錄。
（2）設備設施有無清潔狀態標識。
（3）檢查現場衛生狀況，重點檢查回風口、地漏等部位的清潔消毒是否符合要求。
十二、生產操作人員的衛生
十三、空氣凈化系統
（1）查看生產時的空氣凈化系統是否正常運行，是否定期進行檢測。壓差計顯示的數據是否符合規定。
（2）檢查潔凈廠房的溫濕度監測記錄是否按時記錄，記錄的數據是否符合生產工藝的要求，溫濕度監控記錄中是否記錄了當溫濕度超過標準時所采取的措施。
（3）檢查潔凈廠房內的空氣凈化設施、設備的維修記錄，各設施設備的維修周期是否符合要求。
（4）檢查空氣凈化設施、設備維修時采取的措施是否能夠切實有效地保證不對保健食品的生產造成污染。
十四、原料前處理
（1）現場查看原料前處理車3間是否裝備有必要的通風、除塵、降溫設施，運行是否正常。
（2）現場查看提取完的提取物儲存是符合要求，是否有標識。
（3）有前處理工藝的，在批記錄里應當有記錄。
十五、成品庫
（1）檢查成品庫是否地面平整，便于通風換氣；是否有防鼠、防蟲設施。
（2）檢查成品是否離地、離墻存放。
（3）檢查成品庫的容量是否與生產能力相適應。
（4）檢查成品庫是否設有溫濕度監測和調節裝置。
（5）檢查是否有溫濕度監測記錄。
（6）成品出入庫記錄
（7）非常溫下保存的保健食品貯運時的溫度控制：檢查成品溫控設備（如冷藏室）是否正常運行；檢查成品貯存和設備是否符合企業標準規定。
十六、品質管理
查閱品質管理機構文件、查閱人員崗位職責、查閱關鍵控制點監控記錄、現場檢查檢驗室、查閱儀器和計量器具檢定報告、查閱出廠檢驗報告和型式檢驗報告、檢查留樣情況、查閱生產環境檢測記錄或檢測報告。
十七、委托生產
查閱委托生產協議、查閱批生產指令臺賬、查閱批記錄、查閱批生產記錄、查看產品包裝、標簽和說明書。
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